一种语言中的三个过去
日语词汇常被分成三个历史层次来说明。和语（wago，「日本语的词」）是史前的固有核心——文字之前、汉语影响之前、历史之前就已存在的词。汉语（kango，「汉地的词」）是随佛教、儒学与识字一同自中国传入的借词，大约始于公元5世纪。外来语（gairaigo，「外边来的词」）是更晚的一层借词，主要来自葡萄牙语、荷兰语、英语与法语，起点是1543年葡萄牙船首度抵日之后的欧洲接触。
各层的分布领域
三层各有自己占优的场域。国立国语研究所的调查显示，口语日语里和语超过全部词次的70%——那些指称家人、身体、天气与情感的古老词语；而在报纸散文中，反倒是汉语超过70%，因为日本的工业化主要靠新造汉语复合词，而非直接借入西文原词。电话（denwa）、经济（keizai）、哲学（tetsugaku）这类词都是明治日本所造，后来又回流输出到中国与朝鲜——一个技术词汇自日本流向邻近语言的例子。
三层之间的对比，在表示「美」的几个词上一望可见：
- 美しい（utsukushii）——和语；古老、温暖、带私人情感，自《万叶集》以来一直用于诗歌
- 美丽（birei）——汉语；正式、客观、书面，用于散文与评论
- ビューティフル（byūtifuru）——外来语；年轻、时髦，常带反讽或戏谑
三种选择在语体与联想上各不相同。英语自身也有承自日耳曼语、法语与拉丁语的三重词组——kingly, royal, regal；ask, question, interrogate。日语的书写则常常透过汉字、平假名与片假名的取舍，把层次直接显示出来。
书写与词汇层
日语正字法往往把层次的身分视觉化。平假名与读训读的汉字标示和语，读音读的汉字标示汉语，片假名标示外来语（以及学名）。这些惯例可以让读者在弄清词义之前，就先得到关于它来历的线索。像私はコーヒーを饮む（「我喝咖啡」）这样一句话，三层俱全：私（和语）、コーヒー（外来语，源自荷兰语 koffie）、饮む（和语）。
当层次相撞
三层模型在边缘处会失效，因为混血的词不少。头痛持ち（zutsū-mochi，「动不动就头痛的人」）把汉语的头痛焊在和语的持ち上。チョコレート工场则把外来语 チョコレート 与汉语 工场（kōjō）混在一起。有些词借入太久，久到听起来已像固有词——タバコ（源自葡萄牙语 tabaco，约1600年传入）听上去和樱花一样日本。这类混合形式另有名目：混种语（konshugo），即有意的混搭。テレビ局（terebi-kyoku，电视台）就把英语来的外来语 テレビ 与汉语的局接了起来。此类混血词在现代日语中相当常见，也说明三分法其实是可以互相渗透的。
三层模型是一种分析上的简化，但它确实抓住了在来源、语体与拼写上反复出现的差异。所以选择美しい而不是ビューティフル，传达的不只是意思，还有词汇的分寸。